关于民办学校的税收问题是民办学校举办者最为关心的问题，也是立法需要解决的问题。“民办学校享受国家规定的税收优惠政策。”这条是对民办学校税收问题的规定。这条的意思是要区分取得“合理回报”的和不要“合理回报”的两种不同情况。不要“合理回报”的应该和办公学校享受一样的税收优惠政策，而取得“合理回报”的与之有些差异，但大前提是，民办教育属于公益性事业，所以取得“合理回报”的也应该给予税收优惠。具体办法由国务院有关法规规定。
目前各地对民办学校的税收做法不尽一致，对国家有关税收的法律、法规的理解也不同。总的来讲绝大部分地区依据有关民办教育的法规和规章的规定，对民办教育是免税的，但往往有的地方地税部门为了增加地方收入，向民办学校收税，所以在税收问题上出现的矛盾比较大。据了解目前向民办学校收的税种主要有：营业税、学校所得税、城镇土地使用税、耕地占用税、城建税、房产税、交通附加税等等。按照我国现行税法的有关规定，不管任何税种都不是以公办学校还是民办学校为分界线的，目前营业税的征收是以学历教育和非学历教育区分的。中小学教育属于学历教育是没有疑问的。需要说明的是长期以来，高等教育学历文凭试点学校和高等教育自学考试的助学教育是否算学历教育？回答是肯定的，应该属于在免税范围的。企业所得税的征收是看其收入的来源，经营性的收入不管是公办学校还是民办学校都是要纳税的。现行税法对教育事业实行税收优惠，包括增值税、城市建设维护税、个人所得税、城镇土地使用税、房产税、耕地占用税、固定资产投资调节税、车船使用税、印花税、契税、农业税、土地增值税等。
需要强调的是，税收问题是一个关系到国家主权的大问题。税收征收管理法规定，税收的开征、免征、 退税、补税应该依照法律规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。任何机关单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出开征、停征以及减征、免税、退税、补税的决定。所以，税收应该严格按有关法律、行政法规进行，以维护国家的法度统一。
地方性法规和规章的有关规定有：
辽宁省规定，民办学校在税收和使用地方等方面，与同类公办学校享有同等待遇。
浙江省规定，允许企业投入学校建设的资金税前列支，无偿提供土地划归民办学校使用。
宁夏自治区规定，凡用税后利润在宁夏境内举办民办学校的企业，自治区对其投资额相对应的企业所得税地税部分，由同级财政列收列支予以返还，全额用于办学。
